Группу беглецов разыскивают во всем США не только агенты ФБР (в частности, нечистоплотный детектив Алекс Махоун, который работает на «Компанию»), но и секретные правительственные структуры, замешанные в махинациях бывшего президента страны. В конце сезона Барроуза оправдывают, а Скофилд попадает в панамскую тюрьму «Сона».

    * Создатели сериала сомневались в кандидатуре Доминика Пёрселла. Загорелый и длинноволосый красавец казался им слишком гламурным для роли Линкольна Барроуза. Но до начала съёмок оставалось только три дня, и актёра утвердили на роль. Когда он явился на площадку с побритой наголо головой, Пол Шёринг пришёл в восторг, увидев, что Пёрселл и Миллер действительно похожи как братья.
    * Музыкальная тема для титров была специально написана для сериала композитором Рамином Джавади (Ramin Djawadi). Но во время трансляции сериала во Франции её заменили на песню «Pas Le Temps» рэпера Faf Larage, в Германии — на песню «Ich Glaub an Dich» в исполнении Azad и Adel Tawil, в Бельгии — на «Prison Break Anthem» в исполнении группы Kaye Styles. В эпизоде «Огонь/Вода» третьего сезона есть «пасхальное яйцо» — во время разговора Линкольна и Сьюзан в баре звучит песня «Ich Glaub an Dich».
    * Сара Уэйн Кэллис, которая покинула сериал из-за разногласий с продюсерами, попросила своих поклонников не бойкотировать просмотр третьего сезона. Поклонники, в свою очередь, сделали сотни оригами-журавликов, надеясь, что они помогут вернуть актрису.
    * Если вы захотите сделать себе такую же татуировку, как и у Майкла, то её накалывание займет около 200 часов, а её стоимость составит примерно $15,000-$20,000.
    * Для того, чтобы нанести на тело Миллера татуировку, требовалось от четырёх до пяти часов и 45 минут, чтобы её удалить.
    * Мотоцикл, который берёт Сукре у Пити — это «Урал» 1952 года выпуска.
    * EuropeanGoldfinch.net — сайт, посредством которого Скофилд, Сукре и Франклин обменивались информацией, существует на самом деле, и принадлежит кинокомпании «Двадцатый век Фокс». European Goldfinch — европейская канарейка.
    * Прозвище Франклина — Си-Ноут (C-Note) — на сленге означает стодолларовую банкноту, а прозвище Бэгвелла — Ти-Бэг (T-Bag) помимо чайного пакетика заставляет вспомнить о сказочных сестрах-ведьмах Ти-Бэг и Ти-Шот, созданных британским телеканалом CITV.
    * Настоящий Д. Б. Купер исчез без вести в 1971 году. Дальнейшая его судьба и судьба его добычи до сих пор остается загадкой. Из украденных им 200 000 долларов были обнаружены только 6 000.
    * Сериал спародирован в мультфильме «Симпсоны в кино», когда Мардж спрашивает у Гомера «Что нам делать?», а Гомер отвечает «Думаю надо бежать!».
    * В начале второго эпизода третьего сезона, когда заключенным раздают воду, Майклу наливают половник воды в стакан. В следующем же кадре у Майкла в руке уже полстакана воды.
    * В четвёртом эпизоде третьего сезона, когда Алекс Махоуни ходит по тюрьме Сона, в поисках чёрной ручки, а также в одиннадцатом эпизоде того же сезона во время разговора Майкла с 16-летним баскетболистом, на стене тюрьмы отчётливо видна надпись на русском языке: «Как там хорошо». В первом эпизоде третьего сезона играет одесская «блатная» песня «Как на Дерибасовской». /В седьмом эпизоде третьего сезона Джеймсу Уистлеру один из заключённых говорит на чистом русском: «Куда намылился?»/
    * В одной из серий на предвыборном плакате Кэролин Рейнолдс можно увидеть сайт Reynolds-Again.com, на котором есть информация о личности кандидата в президенты.
    * Во втором сезоне, где Сукре якобы с деньгами на мотоцикле убегает от Скофилда, потом когда Скофилд его догоняет. Сукре поворачивается к Майклу и говорит «Что это было слишком? Майкл отвечает: „Это было великолепно“» (ссылка на фильм Дикие штучки)
    * Фамилия агента Секретной службы США, находившегося в машине Кеннеди во время убийства — Келлерман.
    * Четырёхмесячный перерыв между выходом на экраны 13 и 14 эпизодами первого сезона привёл к вынужденному и хорошо заметному ляпу: казнь Линкольна должна была состояться в мае, но на телеэкранах свирепствовала зима.
    * Когда показывают фото Сары с газетой в 3 сезоне, то её волосы лежат по-разному. То пол-лица закрыто волосами, то всё лицо видно.
    * В 16-ом эпизоде 4 сезона, когда Сара во время погони сбивает квадроцикл с охраной — видно что в квадроцикле сидят манекены.
    * в 13-м эпизоде 4 сезона, на левой руке Линкольна Берроуза (Доминик Пёрселл) видна татуировка "08.12.99, 01.03.01,07.07.03, 07.07.03" даты рождения детей Доминика Пёрсела. Джозеф (1999) Одри (2001) и близнецы Лили и Аугустус (2003)
    * Робин Танни, сыгравшая Веронику Донован, снялась в пилотном эпизоде телесериала "Доктор Хаус". Кэтлин Куинлан, сыгравшая мать братьев, снялась в 1 серии 3 сезона сериала "Доктор Хаус", так же в 20 серии 1 сезона (когда главные герои каждый в своей камере обдумывали дальнейшее побега) Побега звучит мелодия для титров из "Доктора Хауса", актеры Дженнифер Мэри Моррисон (Кэмерон из "Доктора Хауса") и Амори Ноласко (Сукре) являются парой в реальной жизни в 2009 году.
    * В Заключительном эпизоде Final Break на последних минутах фильма (сцена прощания Сукре и Махони с Линком и Сарой) когда Сукре обнимает Линка и хлопает его по плечу - звучание такое же, как и из фильма Терминатор OST